A la suite des nombreux plans de restructuration, le 2ème  Wing compte à nouveau trois escadrilles à partir du 4 mars 1996 avec l’arrivée 350ème  Escadrille de Chasse, arrivée de Beauvechain. Au même moment, le rôle QRA - Quick Reaction Alert, dans le cadre duquel deux avions armés sont prêts à décoller 24 heures sur 24 en moins de 15 min, est repris par la base et effectué par les 2ème et 350ème Escadrilles.

Suite aux accords de Dayton qui mettent fin aux combats entre les peuples serbes, croates et bosniaques, la Belgique envoie un détachement F-16 en octobre 1996 sur la base de Villafranca (Italie). Les deux unités F-16 se partagent les périodes en alternance et la base de Florennes prend part à la mission pour la première fois en fév. 1997.  Opérant depuis janvier 1999 à partir de la base d’Amendola dans le sud de l’Italie, face aux tensions croissantes au Kosovo, le gouvernement belge autorise la participation au frappes au Kosovo et en Serbie, les 3 escadrilles de la base y participent du 24 mars au 10 juin 1999. Les missions de surveillance et d’appui reprennent ensuite au-dessus du Kosovo et de la Bosnie-Herzégovine et les opérations dans les Balkans prennent fin le 20 août 2001.